Bei einer Modellierung zweier sich kreuzender Flächen besteht in RFEM die Möglichkeit, die Schnittlinie automatisch erzeugen zu lassen. Programmintern wird diese Funktion als Durchdringung bezeichnet. Bei der Erzeugung einer Durchdringung, wird die modellierte Fläche in Komponenten zerlegt. Dies bietet den Vorteil, dass diese Komponenten bei der Schnittkraftermittlung berücksichtigt oder aber wahlweise auch deaktiviert werden können.
Hin und wieder kommt es vor, dass zwei sich kreuzende Träger in geringem Abstand übereinander liegen. Bei einer solchen Konstruktion stellt sich hinsichtlich der Modellierung die Frage, wie zwischen den beiden Trägern ein Kontakt mit Kraftübertragung bei Druck berücksichtigt werden kann, während der Kontakt bei Zug, sprich bei abhebendem oberen Träger, ausfallen soll.