Bei einer Modellierung zweier sich kreuzender Flächen besteht in RFEM die Möglichkeit, die Schnittlinie automatisch erzeugen zu lassen. Programmintern wird diese Funktion als Durchdringung bezeichnet. Bei der Erzeugung einer Durchdringung, wird die modellierte Fläche in Komponenten zerlegt. Dies bietet den Vorteil, dass diese Komponenten bei der Schnittkraftermittlung berücksichtigt oder aber wahlweise auch deaktiviert werden können.
Если пересечения, созданные в RFEM 4, открываются в файле RFEM 5, управление файлами пересечений остается в старом формате для обеспечения совместимости. Die einzelnen Teilflächen der Durchdringung können dann nur über das Register "Integriert/Komponenten" aktiviert oder deaktiviert werden, alle Teilflächen können nur dieselbe Dicke aufweisen und es kann keine separate Flächen-FE-Netzverdichtung für die einzelnen Teilflächen verwendet werden.