Ответ:
Основные версии программы (например, RFEM 5.20.xx, 5.21.xx, 5.22.xx и т.д.) всегда устанавливаются параллельно и могут использоваться одновременно. Если это нежелательно, то можно в конце установки удалить предыдущие версии.
С другой стороны, промежуточные обновления (RFEM 5.20.x1, 5.20.x2 и т.д.) всегда устанавливаются поверх предыдущей версии.
Конечно, при любом обновлении проекты будут импортированы. Перед удалением старой версии рекомендуется на всякий случай сохранить личные настройки в менеджере конфигураций.
При необходимости пользовательские настройки можно после обновления импортировать в диспетчер конфигураций.