Ответ:
При обновлении файл проекта обычно не изменяется. Более того, при удалении программы никакие модели не удаляются. Только ссылки, содержащиеся в менеджере проектов, будут потеряны во время удаления. Однако они сохраняются в случае обновления.
Пользовательские панели инструментов, настройки свойств отображения и т.д. можно сохранить в диспетчере конфигураций (см. Изображение). Этот файл резервной копии затем можно легко восстановить в случае потери настроек.