A estrutura de diretórios no Gestor de projetos é administrada através do ficheiro PRO.DLP. Por norma, o ficheiro está localizado na pasta C:\ProgramData\Dlubal\Global\Project Manager. Pode verificar os caminhos do diretório do gestor de projetos na caixa de diálogo "Opções do programa" (menu do Gestor de projetos "Editar → Opções do programa"), ver também a Figura 1.
Este ficheiro da base de dados encontra-se disponível para todos os utilizadores. Se pretender que cada utilizador use uma estrutura de projeto diferente, pode criar um PRO.DLP para cada utilizador (por exemplo, PRO_User1.DLP, PRO_User2.DLP). O ficheiro da base de dados deve então ser definido pelo respetivo utilizador nas opções do programa após cada troca de utilizador. Isso também é demonstrado no vídeo.