Bei einer Modellierung zweier sich kreuzender Flächen besteht in RFEM die Möglichkeit, die Schnittlinie automatisch erzeugen zu lassen. Programmintern wird diese Funktion als Durchdringung bezeichnet. Bei der Erzeugung einer Durchdringung, wird die modellierte Fläche in Komponenten zerlegt. Dies bietet den Vorteil, dass diese Komponenten bei der Schnittkraftermittlung berücksichtigt oder aber wahlweise auch deaktiviert werden können.