Se si desidera modellare due superfici che si intersecano, RFEM offre la possibilità di creare automaticamente la linea di intersezione. Programmintern wird diese Funktion als Durchdringung bezeichnet. Bei der Erzeugung einer Durchdringung, wird die modellierte Fläche in Komponenten zerlegt. Dies bietet den Vorteil, dass diese Komponenten bei der Schnittkraftermittlung berücksichtigt oder aber wahlweise auch deaktiviert werden können.
Se le intersezioni create in RFEM 4 vengono aperte in un file RFEM 5, la gestione dei file delle intersezioni rimane nel vecchio formato per motivi di compatibilità. Die einzelnen Teilflächen der Durchdringung können dann nur über das Register "Integriert/Komponenten" aktiviert oder deaktiviert werden, alle Teilflächen können nur dieselbe Dicke aufweisen und es kann keine separate Flächen-FE-Netzverdichtung für die einzelnen Teilflächen verwendet werden.