Neste caso, pode tentar ajustar a malha de EF de forma mais fina.
No entanto, geralmente é melhor gerar novamente o modelo e arredondar as coordenadas do nó para 6 casas decimais, por exemplo. Pode aceder a esta função através do menu "Ferramentas → Regenerar modelo". Desta forma, as imprecisões causadas pelas menores diferenças em uma coordenada são corrigidas (ver Figura 01).
A verificação do modelo também pode encontrar nós duplos (menu "Ferramentas → Verificação do modelo → Nós idênticos"). Na seguinte caixa de diálogo, pode especificar o que deve acontecer com esses nós (ver Figura 02).