Respuesta:
En este caso, puede intentar ajustar la malla de EF de forma más fina.
Sin embargo, suele ser mejor regenerar el modelo y redondear las coordenadas del nudo a 6 decimales, por ejemplo. Puede acceder a esta característica utilizando el menú "Herramientas → Regenerar modelo". De esta manera, se corrigen las imprecisiones causadas por las diferencias más pequeñas en una coordenada (ver figura 01).
La comprobación del modelo también encuentra nudos dobles (menú "Herramientas → Comprobación del modelo → Nudos idénticos"). En el siguiente cuadro de diálogo, puede especificar qué va a suceder con estos nudos (ver figura 02).