Al fine di evitare incoerenze in un modello causate dall'importazione di dati da programmi CAD o dalla modellazione, RFEM 6 offre la possibilità di definire le tolleranze del modello per nodi, linee, superfici e direzioni nei dati di input. In diesem Sinne wird festgelegt, ab welcher Toleranz die Knoten, Linien, Flächen und Abstände als identisch bewertet und zusammengefasst werden sollen.
Diese Modelltoleranzen werden im Programm zum einen berücksichtigt, wenn einzelne Modellparameter über die Funktion "Verschieben/Kopieren" modifiziert werden und zum anderen wenn die "Drag&Drop"-Funktion zum Einsatz kommt. Wird die Position der Modellparameter jedoch über die Tabelle definiert, können die festgelegten Toleranzen beliebig unterschritten werden. (Anmerkung: Im Video wurde die Modelltoleranz etwas gröber eingestellt, damit die Effekte dieser Einstellung deutlich werden. Im Normalfall ist eine Modelltoleranz von 0,0005 m vom Programm voreingestellt.)
In RFEM 5 konnten derartige Unstimmigkeiten im Modell automatisch über die Funktion "Modell regenerieren" beseitigt werden.