Das Einfügen von Löchern in Flächen ist durch eine große Auswahl an Werkzeugen sehr einfach. Um bei Volumen Löcher oder Bohren einzufügen, ist zu beachten, dass bei einem durchgehendem Loch am Anfang und am Ende eine Öffnung erstellt werden muss und zudem eine Fläche, welche das Loch von dem Volumen abtrennt.
Mit der Funktion "Belastung generieren aus Flächenlast auf Öffnungen" können in RFEM automatisch beispielsweise Windlasten auf Fenster oder andere Lasten auf nichttragende und im Modell nicht abgebildete Strukturen in Öffnungen berücksichtigt werden. Die Funktion wird über "Extras" → "Belastung generieren" → "Aus Flächenlasten auf Öffnungen..." aufgerufen.
In DUENQ-Profilen können Öffnungen wie zum Beispiel Schraubenlöcher durch Elemente der Dicke null abgebildet werden. Für die Berechnung der Schubspannungen im Bereich dieser Nullelemente bietet das Programm zwei Möglichkeiten an.