RFEM používá soubory ve formátu *.rf5 a RSTAB ve formátu *.rs8. Soubor lze uložit v libovolném adresáři na lokálním počítači nebo na síti. Tento soubor je aktualizován každým uložením. Aby se minimalizovaly ztráty dat z náhodných nehod nebo pádů systému na PC, pracuje program v režimu zálohy v určitých intervalech a se záložním souborem.
Na jedné straně program ukládá aktuální stav dat do souboru "PracovníAdresář\RFčíslo verze\JménoSouboru\Position.bak" při každém procesu ukládání a automatickém zálohování. Po nesprávně ukončené relaci se program při otevření zeptá, zda chcete obnovit naposledy otevřený model s daty ze souboru "Position.bak" v pracovním adresáři. Pokud vyberete možnost "Ano", nahradí se běžný soubor souborem "Position.bak". Volba "Ne" smaže záložní soubor "Position.bak". Zbývající záložní soubory se při otevření programu po úspěšné relaci (spuštění a ukončení) bez pádu programu trvale smažou. V záložce "Program" v dialogu "Možnosti programu" můžete nastavit intervaly zálohování.
Kromě toho také programy mohou uložit aktuální stav při ukládání do záložní kopie ".\File name.rf5bak" pro RFEM a ".\File name.rs8bak" pro RSTAB. Tuto možnost lze nastavit také v záložce "Program" v dialogu "Možnosti programu".
