Antwort:
Wählen Sie im Projektmanager das Menü "Bearbeiten → Programmoptionen".
Im Dialog entfernen Sie dann das Häkchen bei "Hinweis beim Öffnen und Schließen eines Modells, wenn dieses mit keinem Dateiordner verknüpft ist" (siehe Bild).
Nach einem Neustart des Programms werden dann diese Einstellungen verwendet.