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Häufig müssen in RFEM nur Teile und nicht die gesamte Fläche belastet werden. Klassischer Fall dazu ist der Erddruck. Dafür gibt es die Möglichkeit der freien Flächenlasten. Diese sind dann flächenunabhängig und werden in der Grafik in den definierten Koordinatenabmessungen dargestellt.
Bei einer Modellierung zweier sich kreuzender Flächen besteht in RFEM die Möglichkeit, die Schnittlinie automatisch erzeugen zu lassen. Programmintern wird diese Funktion als Durchdringung bezeichnet. Bei der Erzeugung einer Durchdringung, wird die modellierte Fläche in Komponenten zerlegt. Dies bietet den Vorteil, dass diese Komponenten bei der Schnittkraftermittlung berücksichtigt oder aber wahlweise auch deaktiviert werden können.
Werden in RFEM 5 Dateien geöffnet, in denen die Durchdringungen noch mit RFEM4 erzeugt wurden, so verbleibt die Dateiverwaltung der Durchdringungen aus Kompatibilitätsgründen im alten Format. Die einzelnen Teilflächen der Durchdringung können dann nur über das Register "Integriert/Komponenten" aktiviert oder deaktiviert werden, alle Teilflächen können nur dieselbe Dicke aufweisen und es kann keine separate Flächen-FE-Netzverdichtung für die einzelnen Teilflächen verwendet werden.